Mit der Umsetzung der Bologna-Reform an der Universität Basel wurde das Studienangebot auf das dreistufige System Bachelor-Master-Promotion umgestellt.

An der Philosophisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät wurde das Diplomstudium in Biologie durch das Bachelor- und Masterstudium zusammen ersetzt. Die neuen Studiengänge führen die Ressourcen des Biozentrums und des Departements Umweltwissenschaften (Bereich Biologie) mit denen des Schweiz. Tropen- und Public Health-Instituts zusammen. Mit dem reformierten Curriculum wird sowohl den Ausbildungsbedürfnissen für die biologische Forschung Rechnung getragen als auch jenen anderer Tätigkeitsbereiche, wie z.B. für den Biologie-Unterricht.

Auf Bachelorstufe (Bachelor of Science, BSc) werden drei Vertiefungsrichtungen (Majors) angeboten:
Molekularbiologie, Organismische Biologie, Integrative Biologie

Sechs mögliche Masterprogramme (Master of Science, MSc) stehen im Anschluss zum Bachelorstudium zur Wahl:
Biologie der Tiere, Epidemiologie, Infektionsbiologie, Molekularbiologie, Ökologie, Pflanzenwissenschaften

An der Philosophisch-Historischen Fakultät und an der Medizinischen Fakultät kann Biologie im Bachelor- bzw. im Masterstudium als ausserfakultäres Bachelorstudienfach (BSF Biologie) bzw. als ausserfakultäres Masterstudienfach (MSF Biologie) studiert werden:

• Bachelor of Arts (BA) in Biologie (Minor) und einem Bachelorstudienfach der Philosophisch-Historischen Fakultät (Major)
• Master of Arts (MA) in Biologie (Minor) und einem Masterstudienfach der Philosophisch-Historischen Fakultät (Major)
• Bachelor of Science (BSc) Sportwissenschaft mit Biologie als Zweitfach
• Master of Science (MSc) Sportwissenschaft mit Biologie als Zweitfach

Studierende erwerben während ihres Studiums Kreditpunkte, deren Berechnung sich nach dem European Credit Transfer System (ECTS) richtet. Die Anzahl der Kreditpunkte pro Lerneinheit entspricht dem studentischen Arbeitsaufwand, der zur Erlangung der Lernziele aufzuwenden ist. Der Richtwert für einen Kreditpunkt entspricht einer studentischen Arbeitsleistung von 30 Stunden.